Aunque no existe constancia de la fecha de fundación de la Cofradía se puede decir que esta puede estar comprendida entre 1590 y 1594 ya que en un manuscrito existente de 1590 donde aparece una relación de las Cofradías gaditanas no aparece la de Jesús Nazareno, mientras que de 1594 sí existe un protocolo notarial donde, en una disposición testamentaria, Juan Gutiérrez desea ser enterrado a su muerte acompañado de las Cofradías de la ciudad entre la que se encuentra la del Nazareno.
Inicialmente se instala la cofradía en el Convento de Nuestra Señora de los Remedios, que fundado en 1566 era la Casa Grande de la Comunidad Franciscana en la ciudad y donde ya existía desde 1569 la Cofradía de la Vera-Cruz.
La cofradía se funda al parecer a imagen de la Nazarena existente en la Ciudad de Sevilla, ya que, al igual que ésta, tiene un culto recogido en sus reglas a la Santa Cruz de Jerusalén, además del propio a la Imagen de Jesús Nazareno.
